
Nama Zainudin Amali pernah disebut-sebut dalam kasus suap sengketa pilkada yang melibatkan Ketua Mahkamah Konstitusi (MK) Akil Mochtar. Dalam fakta persidangan, Zainudin dan Akil disebut pernah melakukan komunikasi pada 1-2 Oktober 2013 melalui BlackBerry Messeger (BBM) untuk membicarakan sengketa Pilkada Jawa Timur.
Zainudin Amali juga pernah diperiksa dalam penanganan perkara suap Kementerian ESDM yang melibatkan Menteri ESDM Jero Wacik. Anggota legislator dari Jawa Timur tersebut diperiksa sebagai saksi untuk tersangka Sekjen ESDM Waryono Karno.
Bahkan, KPK juga sempat melakukan penggeledahan di kediaman dan kantor Zainudin yang saat itu menjabat sebagai Wakil Ketua Komisi VII (energi, riset dan teknologi, dan lingkungan hidup). Kendati demikian, Zainudin menegaskan bahwa ia tidak pernah menerima aliran dana dari Sekjen ESDM.
Sedangkan Abdul Halim Iskandar, pernah diperiksa sebagai saksi di KPK pada 31 Juli 2018. Abdul Halim Iskandar sendiri merupakan kakak kandung Ketum PKB, Muhaimin Iskandar (Cak Imim).
Saat itu, Abdul Halim ditelisik oleh KPK soal hubungannya dengan Bupati Nganjuk Taufiqurrahman. Dalam hal ini, Taufiqurrahman merupakan tersangka suap, gratifikasi, dan tindak pidana pencucian uang (TPPU).